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<p>Die <b>ChIP-Seq</b> (von engl. <i><span lang="en">Chromatin ImmunoPrecipitation DNA-Sequencing</span></i>) ist eine <a href="Biochemie" title="Biochemie">biochemische</a> Methode zur Bestimmung von <a href="Protein-DNA-Interaktion" title="Protein-DNA-Interaktion">Protein-DNA-Interaktionen</a>. Die ChIP-Seq ist eine Kombination aus einer <a href="Chromatin-Immunpr%C3%A4zipitation" title="Chromatin-Immunpräzipitation">Chromatin-Immunpräzipitation</a> und der <a href="DNA-Sequenzierung" title="DNA-Sequenzierung">DNA-Sequenzierung</a> im <a href="Hochdurchsatz" class="mw-redirect" title="Hochdurchsatz">Hochdurchsatz</a>.<sup id="cite_ref-1" class="reference"><a href="#cite_note-1"><span class="cite-bracket">[</span>1<span class="cite-bracket">]</span></a></sup><sup id="cite_ref-2" class="reference"><a href="#cite_note-2"><span class="cite-bracket">[</span>2<span class="cite-bracket">]</span></a></sup> DNA-Protein-Interaktionen kommen bei Bindungssequenzen für <a href="Transkriptionsfaktor" title="Transkriptionsfaktor">Transkriptionsfaktoren</a> an <a href="Promotor_(Genetik)" title="Promotor (Genetik)">Promotoren</a>, <a href="Enhancer_(Genetik)" title="Enhancer (Genetik)">Enhancer</a>, <a href="Repressor" title="Repressor">Repressoren</a>, <a href="Silencer" title="Silencer">Silencer</a>, <a href="Isolator_(Genetik)" title="Isolator (Genetik)">Isolatoren</a> sowie bei Bindungssequenzen für die <a href="DNA-Replikation" class="mw-redirect" title="DNA-Replikation">DNA-Replikation</a> vor.<sup id="cite_ref-3" class="reference"><a href="#cite_note-3"><span class="cite-bracket">[</span>3<span class="cite-bracket">]</span></a></sup>

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<div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="Eigenschaften">Eigenschaften</h2></div>

<p>Das gereinigte <a href="Rekombinantes_Protein" title="Rekombinantes Protein">rekombinante Protein</a> wird mit der DNA vermischt oder <a href="In_vivo" title="In vivo">in vivo</a> gebunden, mit <a href="Formaldehyd" title="Formaldehyd">Formaldehyd</a> reversibel <a href="Vernetzung_(Chemie)" title="Vernetzung (Chemie)">quervernetzt</a>. Anschließend erfolgt eine Fragmentierung per Ultraschall und eine <a href="Immunpr%C3%A4zipitation" title="Immunpräzipitation">Immunpräzipitation</a> der vernetzten Protein-DNA-Komplexe mit einem <a href="Antik%C3%B6rper" title="Antikörper">Antikörper</a> gegen das rekombinante Protein oder sein <a href="Protein-Tag" title="Protein-Tag">Protein-Tag</a>. Abschließend erfolgt die thermische Freisetzung der DNA und eine DNA-Sequenzierung im Hochdurchsatz.

</p><p>Eine Alternativmethode ist die <a href="ChIP-on-Chip" title="ChIP-on-Chip">ChIP-on-Chip</a>, welche die Chromatin-Immunpräzipitation mit einer <a href="Hybridisierung_(Molekularbiologie)" title="Hybridisierung (Molekularbiologie)">Hybridisierung</a> mit einem DNA-<a href="Microarray" title="Microarray">Microarray</a> (synonym <i>DNA-Chip</i>) verbindet. Durch eine parallele Verwendung beider Methoden können systematische Fehler der Methoden teilweise gemindert werden. Im Gegensatz zum ChIP-on-Chip erhöhen sich bei der ChIP-Seq die Kosten bei einer Erhöhung der <a href="Sensitivit%C3%A4t" class="mw-redirect mw-disambig" title="Sensitivität">Sensitivität</a>, da hierbei viele Sequenziervorgänge erforderlich werden. Eine Variante der ChIP-Seq ist die <i>Competition ChIP-Seq</i> mit der untersucht wird, ob zwei Transkriptionsfaktoren um die Bindung an DNA-Sequenzen kompetieren.<sup id="cite_ref-PMID23764940_4-0" class="reference"><a href="#cite_note-PMID23764940-4"><span class="cite-bracket">[</span>4<span class="cite-bracket">]</span></a></sup>

</p><p>Verwandte Methoden ohne Immunpräzipitation sind die <i>DNAse-Seq</i> und die <i>FAIRE-Seq</i> (formaldehyde-assisted isolation of regulatory elements with high-throughput sequencing), welche entfaltete Regionen der DNA sequenzieren, an denen eine Regulation der <a href="Genexpression" title="Genexpression">Genexpression</a> stattfindet.<sup id="cite_ref-PMID21750106_5-0" class="reference"><a href="#cite_note-PMID21750106-5"><span class="cite-bracket">[</span>5<span class="cite-bracket">]</span></a></sup> Die <i>ChIRP-Seq</i> ist eine ChIP-Seq, bei der DNA-bindende <a href="RNA" class="mw-redirect" title="RNA">RNA</a> selektiv nachgewiesen werden kann.<sup id="cite_ref-6" class="reference"><a href="#cite_note-6"><span class="cite-bracket">[</span>6<span class="cite-bracket">]</span></a></sup>

</p><p>Die Kombination eines <a href="Nuclease_protection_assay" class="mw-redirect" title="Nuclease protection assay"><i>Nuclease Protection Assays</i></a> mit einer ChIP-Seq wird als <i>ChIP-Exo</i> bezeichnet, bei der von Proteinen unbedeckte DNA-Bereiche durch eine <a href="Exonuklease" title="Exonuklease">Exonuklease</a> aus dem <a href="Bakteriophage_Lambda" class="mw-redirect" title="Bakteriophage Lambda">Bakteriophagen λ</a> verdaut werden, die übrigen dagegen sequenziert werden.<sup id="cite_ref-DOI10.3109/10409238.2015.1051505_7-0" class="reference"><a href="#cite_note-DOI10.3109/10409238.2015.1051505-7"><span class="cite-bracket">[</span>7<span class="cite-bracket">]</span></a></sup>

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<div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="Einzelnachweise">Einzelnachweise</h2></div>

<li id="cite_note-1"><span class="mw-cite-backlink"><a href="#cite_ref-1">↑</a></span> <span class="reference-text">T. S. Furey: <i>ChIP-seq and beyond: new and improved methodologies to detect and characterize protein-DNA interactions.</i> In: <i>Nat Rev Genet.</i> (2012), Band 13, Ausgabe 12, S. 840–852. <a href="Digital_Object_Identifier" title="Digital Object Identifier">doi</a>:<span class="uri-handle" style="white-space:nowrap"><a rel="nofollow" class="external text" href="https://doi.org/10.1038/nrg3306">10.1038/nrg3306</a></span>. <a class="external mw-magiclink-pmid" rel="nofollow" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23090257?dopt=Abstract">PMID 23090257</a>; <a rel="nofollow" class="external text" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3591838/">PMC 3591838</a> (freier Volltext).</span>

</li>

<li id="cite_note-2"><span class="mw-cite-backlink"><a href="#cite_ref-2">↑</a></span> <span class="reference-text">C. S. Pareek, R. Smoczynski, A. Tretyn: <i>Sequencing technologies and genome sequencing.</i> In: <i>J Appl Genet.</i> (2011), Band 52, Ausgabe 4, S. 413–435. <a href="Digital_Object_Identifier" title="Digital Object Identifier">doi</a>:<span class="uri-handle" style="white-space:nowrap"><a rel="nofollow" class="external text" href="https://doi.org/10.1007/s13353-011-0057-x">10.1007/s13353-011-0057-x</a></span>. <a class="external mw-magiclink-pmid" rel="nofollow" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21698376?dopt=Abstract">PMID 21698376</a>; <a rel="nofollow" class="external text" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3189340/">PMC 3189340</a> (freier Volltext).</span>

</li>

<li id="cite_note-3"><span class="mw-cite-backlink"><a href="#cite_ref-3">↑</a></span> <span class="reference-text">M. J. Buck, J. D. Lieb: <i>ChIP-chip: considerations for the design, analysis, and application of genome-wide chromatin immunoprecipitation experiments.</i> In: <i>Genomics</i> (2004), Band 83, Ausgabe 3, S. 349–360. <a class="external mw-magiclink-pmid" rel="nofollow" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/14986705?dopt=Abstract">PMID 14986705</a>.</span>

</li>

<li id="cite_note-PMID23764940-4"><span class="mw-cite-backlink"><a href="#cite_ref-PMID23764940_4-0">↑</a></span> <span class="reference-text">C. R. Lickwar, F. Mueller, J. D. Lieb: <i>Genome-wide measurement of protein-DNA binding dynamics using competition ChIP.</i> In: <i>Nature protocols.</i> Band 8, Nummer 7, 2013, S. 1337–1353, <a href="Digital_Object_Identifier" title="Digital Object Identifier">doi</a>:<span class="uri-handle" style="white-space:nowrap"><a rel="nofollow" class="external text" href="https://doi.org/10.1038/nprot.2013.077">10.1038/nprot.2013.077</a></span>, <a class="external mw-magiclink-pmid" rel="nofollow" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23764940?dopt=Abstract">PMID 23764940</a>.</span>

</li>

<li id="cite_note-PMID21750106-5"><span class="mw-cite-backlink"><a href="#cite_ref-PMID21750106_5-0">↑</a></span> <span class="reference-text">L. Song, Z. Zhang, L. L. Grasfeder, A. P. Boyle, P. G. Giresi, B. K. Lee, N. C. Sheffield, S. Gräf, M. Huss, D. Keefe, Z. Liu, D. London, R. M. McDaniell, Y. Shibata, K. A. Showers, J. M. Simon, T. Vales, T. Wang, D. Winter, Z. Zhang, N. D. Clarke, E. Birney, V. R. Iyer, G. E. Crawford, J. D. Lieb, T. S. Furey: <i>Open chromatin defined by DNaseI and FAIRE identifies regulatory elements that shape cell-type identity.</i> In: <i>Genome research.</i> Band 21, Nummer 10, Oktober 2011, S. 1757–1767, <a href="Digital_Object_Identifier" title="Digital Object Identifier">doi</a>:<span class="uri-handle" style="white-space:nowrap"><a rel="nofollow" class="external text" href="https://doi.org/10.1101/gr.121541.111">10.1101/gr.121541.111</a></span>, <a class="external mw-magiclink-pmid" rel="nofollow" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21750106?dopt=Abstract">PMID 21750106</a>, <a rel="nofollow" class="external text" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3202292/">PMC 3202292</a> (freier Volltext).</span>

</li>

<li id="cite_note-6"><span class="mw-cite-backlink"><a href="#cite_ref-6">↑</a></span> <span class="reference-text">Ci Chu, Qu, Kun, Zhong, Franklin L., Artandi, Steven E., <a href="Howard_Y._Chang" title="Howard Y. Chang">Chang, Howard Y.</a>: <cite style="font-style:italic">Genomic Maps of Long Noncoding RNA Occupancy Reveal Principles of RNA-Chromatin Interactions</cite>. In: <cite style="font-style:italic">Molecular Cell</cite>. 31. August 2011, <a href="Digital_Object_Identifier" title="Digital Object Identifier">doi</a>:<span class="uri-handle" style="white-space:nowrap"><a rel="nofollow" class="external text" href="https://doi.org/10.1016/j.molcel.2011.08.027">10.1016/j.molcel.2011.08.027</a></span>.<span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Abook&rfr_id=info:sid/de.wikipedia.org:ChIP-Seq&rft.atitle=Genomic+Maps+of+Long+Noncoding+RNA+Occupancy+Reveal+Principles+of+RNA-Chromatin+Interactions&rft.au=Ci%26%2332%3BChu%2C%26%2332%3BQu%2C+Kun%2C+...&rft.btitle=Molecular+Cell&rft.date=2011-08-31&rft.doi=10.1016%2Fj.molcel.2011.08.027&rft.genre=book" style="display:none"> </span></span>

</li>

<li id="cite_note-DOI10.3109/10409238.2015.1051505-7"><span class="mw-cite-backlink"><a href="#cite_ref-DOI10.3109/10409238.2015.1051505_7-0">↑</a></span> <span class="reference-text">Shaun Mahony, B. Franklin Pugh: <i>Protein–DNA binding in high-resolution.</i> In: <i>Critical Reviews in Biochemistry and Molecular Biology.</i> 50, 2015, S. 269, <a href="Digital_Object_Identifier" title="Digital Object Identifier">doi</a>:<span class="uri-handle" style="white-space:nowrap"><a rel="nofollow" class="external text" href="https://doi.org/10.3109/10409238.2015.1051505">10.3109/10409238.2015.1051505</a></span>.</span>

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